Gelelektroforese

Om metoden

Gelelektroforese er en basisteknikk innen genteknologi. Ved gelelektroforese kan store molekyler som DNA-molekyler eller proteiner skilles fra hverandre etter størrelse i en gel. Det er et sentralt verktøy i rettsmedisin, ved gentesting og ved kartlegging av hvor restriksjonsenzymer kutter gener (dvs. kartlegging av såkalte restriksjonsseter).

Ved gelelektroforese av DNA kan vi bruke en gel som er laget av agarose. I gelen er det porer som DNA-bitene vandrer gjennom når det settes strøm på gelen. DNA er negativt ladet så det vil vandre fra negativ til positiv pol i gelen. Porene er en hindring for store DNA-biter slik at DNA-et vandrer gjennom gelen med ulik hastighet avhengig av hvor stort det er. Når gelelektroforesen er ferdig, farges gelen med et fargestoff som binder seg til DNA -et slik at DNA-bitene blirsynlige og danner et mønster.

Etter en gelelektroforese kan dere finne størrelsen på DNA-bitene ved å lage standardkurve basert på DNA-størrelsesmarkører.

Støping av agarosegel

1. Sett opp støpekaret, pass på at det er tett.
2. Bland agarosepulveret med buffer i en flaske som tåler sterk varme (flasker eller erlenmeyerkolber i pyrexglass fungerer fint).
3. Varm opp i mikrobølgeovn til det koker.
4. Gjenta dette 2-3 ganger til alt pulveret er løst.
5. Hell agaroseløsningen i støpekaret.
6. Sett i kammen(e).
7. Ta ut kammen(e) når gelen er stivnet.

Selve elektroforesen

1. Preparer prøvene og tilsett loadingbuffer til både prøvene og DNA-størrelsesmarkøren.
2. Plasser gelen i elektroforesekaret slik at brønnene er ved negativ pol.
3. Hell buffer i elektroforesekaret slik at den går ca. 0,5 cm over gelen.
4. Last prøvene og DNA-størrelsesmarkør i hver sine brønner i gelen.
5. Kjør gelen ved 100 V i ca. 30 minutter.
6. Følg med hvordan loadingbufferen vandrer.
7. Stopp gelen før fargefronten har vandret ut av gelen.
8. Legg gelen i fargeløsning enten i sterkt konsentrert løsning i noen minutter eller i svak fargeløsning i noen minutter.
9. Avfarg gelen ved å vaske i fra springen flere ganger dersom dere har farget i sterk fargeløsning.
10. Analyser resultatet.
11. Finn størrelsen på DNA-bitene i gelen (se egen prosedyre, lenke til høyre).